Bechstedt-Wagd liegt am Rand des Thüringer Beckens etwa zehn Kilometer südlich von Erfurt. Dazwischen liegen noch das Wiesenbachtal und der Steigerwald. Westlich von Bechstedt-Wagd liegen weite, ebene Ackerflächen, während sich östlich des Dorfes das „Bechstedter Holz“, ein Teil des großen Laubmischwald-Gebietes im Städtedreieck Erfurt – Weimar – Kranichfeld befindet. Die Dorfflur wird nach Südwesten zur Wipfra hin entwässert. Bechstedt-Wagd liegt in etwa 360 Metern Höhe und hat seinen Zusatz („Wagd“) zur besseren Unterscheidung vom nur etwa 15 Kilometer entfernt liegenden Bechstedtstraß erhalten. Als Wagd wurde früher der Höhenzug östlich der Gera zwischen Erfurt und Arnstadt bezeichnet. Bechstedt-Wagd ist der nördlichste Ort im Ilm-Kreis.